El CECOAL fue creado por el CONICET el 3 de diciembre de 1973 y designó al Dr. Argentino A. Bonetto como Director Organizador, en la resolución de creación, permaneciendo en el cargo hasta noviembre de 1985, cuando se trasladó por razones de salud a Buenos Aires.

 En este contexto, la mayoría de las investigaciones realizadas se concretaron en la designación de Sitios Ramsar Iberá, Humedales Chaco y Jaukanigás respondiendo al compromiso de Argentina como signatario de la Convención Internacional de Humedales de Ramsar. Para esta misión, el CECOAL debía acrecentar cualitativa y cuantitativamente el conocimiento de los ecosistemas, formar recursos humanos en temas específicos no abordados en la formación de grado y asistir a los tomadores de decisión mediante asesoramiento calificado lo que representó un proceso de consolidación de varias décadas.

En este período CECOAL dedicó sus mayores esfuerzos al conocimiento de los cursos y cuerpos de agua de la región, produciendo también valiosa información en proyectos encomendados por PNUD para el diagnóstico de calidad de aguas del río Paraná, por la provincia de Corrientes para el estudio de los esteros del Iberá, por la Entidad Binacional Yaciretá y por la Comisión Administradora del Río Uruguay referida a los riesgos ambientales de los proyectos de embalses de Yaciretá y de Salto Grande.

Ante la renuncia del Dr. A. Bonetto por problemas de salud, CONICET encomendó la conducción de la UE al Prof. Juan José Neiff, mediante Res. 1595 del 18 de octubre de 1985 del entonces Director de CONICET, Dr. Carlos Rafael Abeledo.

Desde 1985 a la fecha, el CECOAL ha avanzado hacia una consolidación institucional que mereció el reconocimiento al final de la evaluación inter rnacional realizada en 2001 por la entonces Secretaría de Ciencia y Tecnología, durante la gestión del Ing. Armando Bertranou al frente de CONICET.

En 1999, en el marco de la reconversión institucional interna puesta en marcha por CONICET, el PRINGEPA (Programa de Investigaciones Geológicas y Paleontológicas) pasó a integrar CECOAL, con lo que se produjo un enriquecimiento cualitativo y cuantitativo en la proyección institucional. Las contribuciones científicas en el ámbito de la paleontología de vertebrados, invertebrados y paleobotánica, la paleoecología y la palinología tienen prestigio internacional y constituyen una herramienta fundamental para interpretar el pasado de los sistemas naturales.

En 2009 surge la Formalización de la doble dependencia CONICET-UNNE. Incorporación al CCT-Nordeste.

Muchas de las investigaciones mencionadas anteriormente, como el modelo para la prevención del desarrollo de plantas consideradas malezas en embalses, desarrollado para la Entidad Binacional Yaciretá, fueron publicados en revistas de difusión internacional y aún hoy son referenciados internacionalmente.